Microscopie VS PCR
Le piégeage des spores en suspension dans l’air est une méthode essentielle pour surveiller les risques de maladies fongiques en agriculture. Il existe deux approches principales pour identifier et compter les spores : la microscopie et la PCR quantitative (qPCR). Bien que la PCR soit souvent considérée comme la technique la plus moderne, la microscopie offre plusieurs avantages concrets, en particulier dans le contexte de la prévention sur le terrain.
1. Observation directe et rapide
La microscopie permet une analyse immédiate des spores collectées, sans étapes complexes d’extraction de l’ADN ni nécessité d’un laboratoire spécialisé. Dans la prévention des maladies des cultures, la rapidité de la notification est un facteur essentiel. Une fois la contamination détectée, il est essentiel d’agir rapidement en appliquant des traitements préventifs ou curatifs avant que la maladie ne se propage et n’affecte gravement la culture.
Dans le cas de la PCR, les analyses sont généralement centralisées et doivent être envoyées à des laboratoires spécialisés, ce qui entraîne souvent des délais de plusieurs jours avant que les résultats ne soient disponibles. Il est donc difficile d’intervenir à temps. En revanche, la microscopie est une méthode portable qui peut être réalisée à proximité du site d’échantillonnage, ce qui permet des temps de réaction beaucoup plus rapides et maximise les chances de protéger les cultures avant qu’il ne soit trop tard.
2. Sensibilité
La sensibilité d’une méthode se réfère à sa capacité à détecter les vrais positifs lorsqu’ils sont présents. Pour les spores présentant des caractéristiques morphologiques distinctes, la microscopie et la PCR ont une sensibilité théoriquement comparable. La microscopie peut détecter une maladie dès qu’une seule spore (ou sporange) est présente dans l’échantillon. De même, la PCR devrait détecter une seule spore si la réaction se déroule correctement.
Lorsque l’on compare les résultats de la PCR quantitative avec ceux de la microscopie pour le même échantillon, la PCR semble souvent plus sensible car le nombre de génomes par litre d’air est généralement supérieur ou égal au nombre de spores. Toutefois, cette différence s’explique par le fait que plusieurs champignons pathogènes, tels que Alternaria et Phytophthora, contiennent plusieurs génomes par spore. Par exemple, 10 génomes détectés par PCR ou une spore observée au microscope sont équivalents et correspondent à la capture d’une seule spore.
En fin de compte, la sensibilité des deux méthodes dépend davantage de la stratégie et du calendrier d’échantillonnage de l’air que de la méthode d’analyse elle-même.
3. La spécificité
La spécificité est la capacité à identifier correctement les vrais négatifs. Avec la microscopie, la distinction entre certaines espèces pathogènes et des espèces étroitement apparentées peut parfois s’avérer difficile. Toutefois, nos études comparatives avec la PCR montrent que, dans le cadre d’un échantillonnage agricole sur le terrain, notre méthode de microscopie identifie correctement les agents pathogènes ciblés dans plus de 95 % des cas.
4. Validation et exécution de la méthode
Tant la PCR que la microscopie nécessitent de solides processus de validation pour garantir une sensibilité optimale. Pour la microscopie, il s’agit d’étudier les variétés de spores qui sont morphologiquement similaires aux spores cibles et d’identifier les caractéristiques discriminantes pour une identification fiable. La préparation des lames de microscope est non destructive et n’entrave pas la détection des spores.
Pour la PCR, la validation est tout aussi cruciale, mais comme la méthode comporte de multiples étapes séquentielles, une erreur à n’importe quel stade peut affecter radicalement les résultats. Un autre avantage de la microscopie est que chaque lame peut être réanalysée immédiatement par n’importe qui, en utilisant l’échantillon original. En revanche, la qPCR nécessite une nouvelle préparation complète de l’échantillon pour la réanalyse.
5. Vue d’ensemble et diversité
Contrairement à la PCR, qui cible des espèces spécifiques à l’aide d’amorces, la microscopie permet d’observer toutes les spores présentes dans l’échantillon, y compris les pathogènes non ciblés ou émergents. Cette perspective plus large fournit des informations précieuses sur les risques phytosanitaires d’un champ ou d’une région.
La PCR reste une méthode précieuse pour les confirmations spécifiques ou la recherche ciblée lorsqu’une identification génétique précise est nécessaire. Cependant, pour la surveillance de routine, la microscopie s’impose comme l’option préférée en raison de sa rapidité inégalée et de sa grande fiabilité. Elle permet une détection précoce et complète des agents pathogènes en suspension dans l’air, ce qui en fait un outil idéal pour la surveillance quotidienne des maladies fongiques dans l’agriculture.